EOS schématisé : un peu de vocabulaire

Du plus gros au plus petit, les éléments constituant le cluster de calcul :

Le calculateur

  • Essentiellement constitué de 7 racks ou baies

Les racks (ou baies)

  • Contiennent plusieurs chà¢ssis (ou IRU)

Les chà¢ssis (ou IRU)

  • Contiennent 9 lames chacun

Les lames

  • Chaque lame contient deux nœuds de calcul

Les nœuds (ou nodes)

  • Comprennent deux processeurs (ou sockets), (ainsi qu’un disque local et 64 Go de mémoire)

Les processeurs (sockets)

  • Chaque processeur est constitué de 10 cœurs physiques
  • Chaque cœur physique peut accomplir deux tà¢ches simultanément, il est constitué de deux cœurs logiques (ce système est appelé Hyperthreading, ou "HT")

La même chose en images :

Eos : Schémas, vocabulaire, ...
Cliquez sur l’image pour l’agrandir

La numérotation des cœurs de calcul :
Sur chaque nœud, il y a deux sockets, chacun a 10 cœurs physiques, correspondant à deux cœurs physiques si l’hyperthreading est activé. Le schéma ci-dessous montre la numérotation des cœurs telle qu’elle est effectuée par le système d’exploitation :

1er socket2ème socket
P [1] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
L [2] 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39

Voir aussi

Bibliothèques scientifiques

FFTw HDF5

Logiciels scientifiques

Gaussian MEEP

Se connecter à EOS

Se connecter à Eos À partir de la plupart des réseaux académiques toulousains, on peut se connecter sur EOS par ssh :

L’espace-disque

L’espace disque d’EOS L’ espace disque d’EOS est constitué de trois espaces différents, chacun a une utilisation spécifique.

Lancer un calcul sur EOS

Lancer un calcul sur EOSLe mode interactif Pour la phase de mise au point

Documentations obsolètes concernant eos

L’uvprod (obsolète)

Améliorer les performances

Améliorer les performances de vos codes Vous trouverez dans cette rubrique différents moyens de déboguer votre application, d’améliorer les performances et d’optimiser un calcul sur le système de calcul EOS.

Comment fonctionne le système de Modules

Les commandes module permettent de personnaliser son environnement en termes de compilateurs, librairies, application (calcul, visu, etc...) de manière extrêmement simple.

ParaView

Lancement de ParaView Obligatoirement à partir d’un nœud graphique. Attention Si l’environnement openFoam est lancé, la commande ParaView n’est pas disponible : utilisez plutô

Gaussview

Utilisation de Gaussview Positionner l’environnement gaussian comme indiqué dans l’article sur Gaussian, puis :

XCrySDen

Lancer XCryDen à partir du menu graphique ! Ou... Lancer XCrysDen sur la frontale :

Jmol

Jmol est un outil de visualisation de molécules Lancer Jmol à partir du menu graphique Ou... lancer Jmol en ligne de commande :

gabedit

Pour l’utiliser : [@eoslogin1] gabedit

chdb, an MPI application for embarrasingly parallel problems

Embarrassingly parallel problems An embarrassingly parallel problem is a problem for which little or no effort is required to separate the problem into a number of parallel tasks [

compiler ses codes sur EOS

Le système de calcul EOS utilise le système d’exploitation linux. Ainsi deux environnements de compilation sont disponibles :

Une simulation en vidéo

Cette page présente une démonstration synthétique de l’usage du supercalculateur EOS.

Salome

SALOME propose des outils de pré/post-traitement et de couplage de codes de calcul pour la simulation numérique, ilintègre un module de visualisation (qui repose sur paraview).

VisIt

Lancement de VisIt Obligatoirement à partir d’un nœud graphique. VisIt est accessible à partir du menu graphique visit est également utilisable en ligne de commande :

A ParaView tutorial for parallel visualisation

In this tutorial, we explain how you can use several cores with ParaView for a better interactivity when visualizing huge quantities of data