compiler ses codes sur EOS

Le système de calcul EOS utilise le système d’exploitation linux. Ainsi deux environnements de compilation sont disponibles :

• Compilateur Fortran,C, C++ :
  • GNU : gc, g++,gfortran
  • Intel(r) : icc, icpc, ifort
• Librairie MPI (Message Passing Interface)
  • Intel MPI (r)
  • BullxMPI (basée sur OpenMPI)

Pour connaitre l’environnement par défaut d’EOS grà¢ce aux commandes module :

Compiler un code avec le compilateur FORTRAN/C d’Intel(r) et la librairie Intel MPI :

• Code source FORTRAN :
  mpiifort -o monprog_intelmpi monprog_intelmpi.f90
• Code source C :
  mpiicc -o monprog_intelmpi monprog_intelmpi.c

Compiler un code avec le compilateur FORTRAN/C GNU et la librairie Intel MPI :

• Code source FORTRAN :
  mpif90 -o monprog_intelmpi monprog_intelmpi.f90
• Code source C
  mpicc -o monprog_intelmpi monprog_intelmpi.c

Attention :

• il est très fortement recommandé pour les codes FORTRAN d’utiliser le compilateur Intel(r) : ifort, mpiifort
• mpiifort,mpiicc, mpif90,mpicc sont des wrappers. Ces wrappers permettent à la fois de compiler les sources et de faire l’édition des liens pour la librairie MPI sous-jacente. Derrière l’appel à cette commande, de nombreux arguments sont cachés. Pour les connaà®tre :
  [@eoslogin1]$ mpiifort -show ifort -I/usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/include -I/usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/include -L/usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/lib -Xlinker --enable-new-dtags -Xlinker -rpath -Xlinker /usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/lib -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/4.1 -lmpigf -lmpi -lmpigi -ldl -lrt -lpthread [@eoslogin1]$ mpif90 -show gfortran -I/usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/include/gfortran/4.4.0 -I/usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/include -L/usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/lib -Xlinker --enable-new-dtags -Xlinker -rpath -Xlinker /usr/local/intel/impi/4.1.3.049/intel64/lib -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/4.1 -lmpigf -lmpi -lmpigi -ldl -lrt -lpthread